日本の近代思想の中で、著者は島尾敏雄、岡本太郎、橋川文三、深沢七郎、赤松啓介らの思想を「異端の思想」、そして東井義雄、小林杜人のそれを「孤魂の思想」として位相を与えている。
島尾はヤポネシア論、岡本太郎は縄文土器、橋川文三は日本浪曼派、深沢七郎はムラ社会、赤松啓介は性の民俗学、それらを柳田国男の民俗学との対峙によって、著者はそれぞれの「異端」を鮮鋭に浮かび上がらせている。
一方、東井義雄と小林杜人について著者は、日本人の最も情緒的な感情である肉親の情に思想が敗北する「転向」へと向かった二人を孤独な魂、すなわち「孤魂」と名付けている。
どちらも近代日本の精神史から日本人とは何者かを探り当てる上で、いわゆる学校のテキストから抜け落ちた、いや故意に隠されたものだと著者は断じている。
そして、巧妙に隠された思想を補完することによってしか、日本人の精神を深く理解することはできないと言っているのである。